Presiden Soekarno mencoba mencari tahu tentang keberadaan para Jenderal AD tersebut, namun tidak ada yang bisa atau berani memberikan jawaban yang pasti. Sementara itu tanggal 1 hingga 2 Oktober 1965, Pangkostrad Mayjen Soeharto beserta pasukan RPKAD berhasil memulihkan situasi keamanan di Jakarta.
Tanggal 2 Oktober 1965, ditengah berkecamuknya situasi politik yang genting, Presiden Soekarno kemudian memanggil ke Halim Perdanakusuma, para pimpinan dari masing-masing angkatan bersenjata beserta Dr. J. Leimena sebagai wakil perdana menteri.
Dalam pertemuan malam tanggal 2 Oktober 1965 tersebut Presiden Soekarno menyatakan bahwa dirinya tetap memegang tampuk pimpinan Negara dan tampuk pimpinan Pemerintahan dan Revolusi Indonesia.
Hal-hal yang dibahas adalah mengenai kondisi keamanan negara, keberadaan para Jenderal AD, termasuk keberadaan Kepala Staf Angkatan Perang, Jenderal AH Nasution, serta langkah-langkah ke depan.
Baca Juga: Profil Jenderal TNI Anumerta Achmad Yani, Korban Tragedi G30S PKI
Setelah mengadakan rapat sejak malam tanggal 2 Oktober hingga dini hari 3 Oktober, maka Presiden Soekarno memberi respon pertamanya terhadap situasi politik dan keamanan paska peristiwa penculikan dan pembunuhan para Jenderal AD tersebut.
Berikut ini adalah isi lengkap amanat Presiden Soekarno tanggal 3 Oktober 1965 sebagai respon terhadap situasi yang terjadi pada 1 Oktober 1965.
AMANAT P.J.M. PRESIDEN/ PANGLIMA TERTINGGI ABRI
PEMIMPIN BESAR REVOLUSI BUNG KARNO JANG DIUTJAPKAN
MELALUI RRI PADA TGL.3 OKTOBER 1965 DJAM 01.30.
Saudara-Saudara sekalian.
Mengulangi perintah saja sebagai Presiden/Panglima Tertinggi Angkatan
Bersendjata/Pemimpin Besar Revolusi jang telah diumumkan pada tanggal 1 Oktober '65,
dan untuk menghilangkan semua keragu-raguan dalam kalangan rakjat, maka dengan ini
saja sekali lagi menyatakan bahwa saja berada dalam keadaan sehat wal'afiat dan tetap
memegang tampuk pimpinan Negara dan tampuk pimpinan Pemerintahan dan Revolusi
Indonesia.
Pada hari ini tanggal 2 Oktober '65 saja telah memanggil semua Panglima Angkatan
Bersendjata bersama wakil Perdana Menteri kedua Dr. Leimena dan para pejabat penting
lainnya dengan maksud untuk segera menyelesaikan persoalan apa yang disebut peristiwa
30 September.
Untuk dapat menyelesaikan persoalan ini saja telah perintahkan supaja segera ditjiptakan
satu suasana yang tenang dan tertib, dan untuk itu perlu dihindarkan segala kemungkinan
bentrokan dengan sendjata.
Dalam tingkatan perdjoangan Bangsa lndonesia sekarang ini, saja perintahkan kepada
seluruh rakyat untuk tetap mempertinggi kewaspadaan dan kesiapsiagaan dalam rangka
meningkatkan pelaksanaan Dwikora.
Kepada seluruh Rakjat lndonesia saja serukan untuk tinggal tetap tenang dan kepada
semua menteri dan petugas- petugas negara lainnja untuk tetap mendjalankan tugasnya
masing-masing seperti sediakala.
Pimpinan Angkatan Darat pada dewasa ini berada langsung dalam tangan saja dan untuk
menyelesaikan tugas sehari-hari dalam Angkatan Darat sementara saja tundjuk Maj.
Djen. Pranoto Reksosamodra, Ass keIII Men/ PANGAD. Untuk melaksanakan
pemulihan keamanan dan ketertiban jang bersangkutan dengan peristiwa 30 September
tersebut telah saja tundjuk Maj.Djen. Suharto, Panglima Kostrad sesuai dengan
kebidjaksanaan jang telah saja gariskan.